Vous êtes agent public et venez de recevoir un arrêt de travail de votre médecin. Ou bien vous gérez les ressources humaines d’une collectivité et devez appliquer les nouvelles règles d’indemnisation entrées en vigueur en mars 2025. Dans les deux cas, connaître précisément les droits et les obligations liés à l’arrêt maladie dans la fonction publique est indispensable pour éviter toute erreur administrative ou financière.
La loi de finances pour 2025 a profondément modifié les conditions de rémunération des agents publics en congé maladie. Avec plus de 5,7 millions d’agents répartis sur les trois versants de la fonction publique, ces changements ont un impact considérable.
Ce guide complet détaille l’ensemble du dispositif : types de congés, niveaux de rémunération, jour de carence, obligations de l’employeur, et droits des agents selon leur statut. Une lecture indispensable pour sécuriser vos démarches et optimiser la gestion de ces situations.
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Quels sont les différents types d’arrêt maladie dans la fonction publique ?
La réglementation distingue plusieurs catégories de congés pour raison de santé. Chaque type obéit à des règles spécifiques en matière de durée, de rémunération et de contrôle médical.
Le congé de maladie ordinaire (CMO)
Le congé de maladie ordinaire est le dispositif le plus courant. Il concerne toute maladie ou accident survenu en dehors du service qui rend l’agent inapte à exercer ses fonctions. Sa durée maximale est de 12 mois consécutifs.
La règle générale prévoit que l’agent doit transmettre un certificat médical à son employeur dans un délai de 48 heures. Le non-respect de ce délai peut entraîner une interruption du versement de la rémunération.
Le congé de longue maladie (CLM)
Le congé de longue maladie est accordé lorsque la pathologie de l’agent présente un caractère invalidant et de gravité confirmée, nécessitant un traitement prolongé. La liste des maladies ouvrant droit au CLM est fixée par arrêté, mais elle n’est pas limitative : d’autres affections peuvent être reconnues après avis du conseil médical.
La durée maximale du CLM est de 3 ans. Il est accordé ou renouvelé par périodes de 3 à 6 mois.
Le congé de longue durée (CLD)
Le congé de longue durée est réservé à cinq pathologies spécifiques : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite et déficit immunitaire grave et acquis. Sa durée maximale atteint 5 ans.
Cette distinction est essentielle : contrairement au CLM, les droits à CLD ne se reconstituent pas au cours de la carrière. Le fonctionnaire ne peut bénéficier que d’un seul CLD par affection.
Le CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service)
Le CITIS s’applique lorsque l’incapacité de travail résulte d’un accident de service, d’un accident de trajet ou d’une maladie professionnelle. Ce congé est accordé sans limitation de durée, jusqu’à la reprise du service ou la mise à la retraite.
Depuis 2017, il existe une présomption d’imputabilité pour les accidents de service et les maladies professionnelles correspondant aux tableaux de la CPAM. Concrètement, c’est à l’employeur de prouver que l’accident n’est pas lié au service.
Ce qu’il faut retenir : quatre types de congés maladie coexistent dans la fonction publique (CMO, CLM, CLD, CITIS). Chacun répond à des conditions d’ouverture, des durées et des niveaux d’indemnisation distincts. Identifier le bon dispositif dès le départ conditionne la suite de la procédure.
Comment est calculée la rémunération pendant un arrêt maladie ?
Les règles de rémunération ont été significativement modifiées par l’article 189 de la loi de finances pour 2025, applicable aux congés accordés à compter du 1er mars 2025.
Les nouvelles règles du CMO depuis mars 2025
Avant la réforme, le fonctionnaire en CMO percevait 100 % de son traitement indiciaire brut pendant les trois premiers mois. Ce taux a été abaissé à 90 %.
Voici le barème actuellement en vigueur pour les fonctionnaires titulaires et stagiaires :
| Période | Taux d’indemnisation |
|---|---|
| 3 premiers mois | 90 % du traitement indiciaire brut |
| 9 mois suivants | 50 % du traitement indiciaire brut |
Le fonctionnaire conserve dans tous les cas la totalité du supplément familial de traitement et de l’indemnité de résidence.
Vérifiez que cette réduction de 10 % est bien appliquée uniquement au traitement indiciaire. Les primes et indemnités obéissent à des règles propres selon les versants.
La rémunération en CLM et CLD
Pour le congé de longue maladie, la rémunération s’organise ainsi :
- 1 an à plein traitement (première année)
- 2 ans à demi-traitement (deuxième et troisième années)
Pour le congé de longue durée :
- 3 ans à plein traitement
- 2 ans à demi-traitement
Lorsque le CLD est accordé à l’issue de la première année de CLM, cette première année est réputée être une période de CLD et s’impute sur sa durée totale.
La rémunération en CITIS
L’agent placé en CITIS bénéficie du maintien intégral de son traitement pendant toute la durée du congé. Cette règle s’applique sans limitation dans le temps, ce qui distingue fondamentalement le CITIS des autres dispositifs.
Ce qu’il faut retenir : depuis mars 2025, le CMO ne garantit plus que 90 % du traitement les trois premiers mois (au lieu de 100 %). En revanche, le CITIS reste intégralement indemnisé. Le CLM et le CLD conservent leur barème propre.
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Qu’est-ce que le jour de carence et quand s’applique-t-il ?
Le jour de carence constitue le premier jour de tout congé de maladie ordinaire pendant lequel aucune rémunération n’est versée. Ce mécanisme s’applique aux fonctionnaires titulaires, stagiaires et aux agents contractuels des trois versants de la fonction publique.
Les règles d’application
Le jour de carence se déclenche à chaque nouvel arrêt de maladie ordinaire. Il ne s’applique pas dans les cas suivants :
- Le deuxième arrêt pour la même pathologie intervenant dans les 48 heures suivant la reprise
- Les congés de longue maladie (CLM)
- Les congés de longue durée (CLD)
- Le CITIS (accident de service ou maladie professionnelle)
- Les congés liés à une affection de longue durée (ALD) selon les conditions prévues par la réglementation
L’impact financier concret
Pour un agent de catégorie C percevant un traitement brut mensuel de 1 800 euros, le jour de carence représente une retenue d’environ 60 euros par arrêt. Sur une année comportant plusieurs épisodes d’arrêt, l’impact cumulé peut devenir significatif.
Conservez systématiquement les certificats médicaux mentionnant la pathologie concernée pour justifier, le cas échéant, l’exemption du jour de carence en cas de rechute.
Quelles sont les obligations de l’employeur public ?
L’employeur public dispose de responsabilités précises à chaque étape de l’arrêt maladie, du placement en congé au contrôle médical.
Le placement en congé et la gestion administrative
Dès réception du certificat médical, l’employeur doit prendre un arrêté plaçant l’agent en congé de maladie. Cette formalité administrative est indispensable car elle conditionne le maintien de la rémunération et ouvre les droits de l’agent.
En cas de CMO, il est désormais recommandé d’établir les arrêtés pour les trois premiers mois afin de garantir l’application correcte du taux de 90 %.
Le contrôle médical
L’employeur dispose d’un pouvoir de contrôle sur la réalité de l’arrêt maladie. Plusieurs situations imposent un contrôle obligatoire :
- Au-delà de 6 mois consécutifs de CMO, un examen par un médecin agréé est obligatoire
- Pour tout placement en CLM ou CLD, la saisine du conseil médical est requise
- L’employeur peut également diligenter un contrôle à tout moment s’il estime que l’arrêt n’est pas justifié
La gestion du CITIS : des obligations renforcées
Dans le cadre du CITIS, l’employeur dispose d’un délai de 30 jours (accident de service) ou de 2 mois (maladie professionnelle) pour statuer sur l’imputabilité au service. Le non-respect de ce délai entraîne une reconnaissance implicite de l’imputabilité.
L’employeur doit également prendre en charge les honoraires médicaux et les frais directement liés à l’accident ou à la maladie reconnue imputable.
Ce qu’il faut retenir : l’employeur public a l’obligation de formaliser chaque placement en congé par arrêté, d’organiser les contrôles médicaux dans les délais réglementaires et de respecter les procédures spécifiques au CITIS sous peine de reconnaissance implicite.
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Quel régime s’applique aux agents contractuels ?
Les agents contractuels de droit public bénéficient également de congés maladie, mais selon des modalités différentes qui dépendent de leur ancienneté de service.
Des droits conditionnés par l’ancienneté
Depuis le 1er mars 2025, les droits des agents contractuels en congé maladie s’établissent ainsi :
| Ancienneté de service | Durée à 90 % du traitement | Durée à demi-traitement |
|---|---|---|
| Après 4 mois | 1 mois | 1 mois |
| Après 2 ans | 2 mois | 2 mois |
| Après 3 ans | 3 mois | 3 mois |
La même logique de passage de 100 % à 90 % du traitement s’applique aux contractuels, conformément aux décrets n° 2025-197 et n° 2025-198 du 27 février 2025.
Le cas particulier du congé de grave maladie
Les agents contractuels ne bénéficient pas du CLM ni du CLD. En revanche, ils peuvent obtenir un congé de grave maladie (CGM), équivalent fonctionnel du CLM, sous réserve de remplir les conditions d’ancienneté requises (au moins 3 ans de services).
La protection en cas d’accident de service
Les agents contractuels affiliés à l’IRCANTEC relèvent du régime général de la sécurité sociale pour les accidents de travail et les maladies professionnelles. Ils ne bénéficient pas du CITIS mais sont couverts par la CPAM.
En revanche, cette analyse permet de comprendre que seuls les fonctionnaires affiliés à la CNRACL bénéficient pleinement du régime protecteur du CITIS.
Quelles sont les conséquences d’un arrêt maladie sur la carrière ?
Un arrêt maladie prolongé produit des effets directs sur plusieurs aspects de la vie professionnelle de l’agent.
L’avancement et l’ancienneté
Le temps passé en congé maladie, qu’il s’agisse d’un CMO, d’un CLM ou d’un CLD, est pris en compte pour l’avancement à l’ancienneté. L’agent ne perd donc pas ses droits à progression dans la grille indiciaire.
Les droits à la retraite
Les périodes de congé maladie rémunéré (à plein traitement ou à demi-traitement) sont validées pour la retraite. En revanche, les périodes de congé non rémunéré ne sont pas prises en compte, sauf dispositions particulières.
La fin de l’arrêt et la reprise
À l’issue d’un arrêt maladie, l’agent doit être réintégré sur son poste ou, si son état de santé ne le permet pas, faire l’objet d’un aménagement de poste ou d’une procédure de reclassement. Lorsque l’agent est reconnu inapte de manière définitive, une mise à la retraite pour invalidité peut être prononcée.
Ce qu’il faut retenir : l’arrêt maladie n’interrompt pas l’avancement. Les périodes rémunérées comptent pour la retraite. La reprise doit être accompagnée, le cas échéant, d’un aménagement de poste.
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Quelles exceptions et dérogations connaître ?
Certaines catégories d’agents bénéficient de régimes dérogatoires qu’il convient de signaler.
Les professions à régime spécifique
Les policiers municipaux, les gardes champêtres et les sapeurs-pompiers professionnels conservent le maintien intégral de leur régime indemnitaire pendant le CMO. Cette dérogation a été expressément prévue lors de l’adoption de la réforme de mars 2025.
L’interdiction de compenser par délibération
Un point de vigilance majeur pour les collectivités territoriales : aucune délibération locale ne peut rétablir le maintien à 100 % du traitement pendant les trois premiers mois de CMO. La loi s’impose sans possibilité de dérogation par l’employeur.
Les arrêts débutés avant le 1er mars 2025
Les arrêts maladie ayant débuté avant le 1er mars 2025 restent soumis à l’ancien régime d’indemnisation à 100 %. Seuls les nouveaux congés ouverts à compter de cette date relèvent du barème à 90 %. Un arrêt prolongé après cette date sans interruption n’est pas recalculé.
Quels conseils pratiques pour sécuriser la gestion des arrêts maladie ?
Que vous soyez agent ou gestionnaire RH, plusieurs bonnes pratiques permettent de sécuriser les procédures et d’éviter les contentieux.
Pour les agents :
- Transmettez votre certificat médical dans les 48 heures sans exception
- Conservez une copie de chaque document transmis à votre employeur
- En cas d’accident de service, effectuez votre déclaration dans les 15 jours suivant la constatation médicale
- Vérifiez sur votre bulletin de paie que le taux d’indemnisation appliqué est conforme
Pour les employeurs publics :
- Formalisez chaque placement en congé par un arrêté individuel
- Respectez scrupuleusement les délais de réponse pour les demandes de CITIS
- Organisez le contrôle médical obligatoire au-delà de 6 mois de CMO
- Constituez un vivier de contractuels remplaçants pour limiter l’impact organisationnel des absences prolongées
- Instruisez rapidement les dossiers de reclassement dès qu’un CLM ou CLD est confirmé
Synthèse : tableau récapitulatif des congés maladie dans la fonction publique
| Type de congé | Durée maximale | Rémunération | Jour de carence |
|---|---|---|---|
| CMO | 12 mois | 90 % (3 mois) puis 50 % (9 mois) | Oui |
| CLM | 3 ans | 100 % (1 an) puis 50 % (2 ans) | Non |
| CLD | 5 ans | 100 % (3 ans) puis 50 % (2 ans) | Non |
| CITIS | Sans limite | 100 % intégral | Non |
Cette réglementation, en constante évolution, exige une veille attentive de la part des agents comme des employeurs publics. La maîtrise des règles applicables permet non seulement de garantir le respect des droits de chacun, mais aussi d’optimiser la gestion administrative et financière des arrêts maladie au sein des services publics.